洗滌雖不是一個反應步驟，但卻也決定著實驗的成敗。ELISA靠洗滌來達到分離游離的和結合的酶標記物的目的。通過洗滌以清除殘留在板孔中沒能與固相抗原或抗體結合的物質，以及在反應過程中非特異性地吸附于固相載體的干擾物質。

　　ELISA試劑盒洗滌的兩大方法：

　　一、浸泡式

　　1.吸干或甩干孔內反應液；

　　2.用洗滌液過洗一遍(將洗滌液注滿板孔后，即甩去)；

　　3.浸泡，即將洗滌液注滿板孔，放置1-2分鐘，間歇搖動，浸泡時間不可隨意縮短；

　　4.吸干孔內液體。吸干應*，可用水泵或真空泵抽吸，也可甩去液體后在清潔毛巾或吸水紙上拍干；

　　5.重復操作c和d，洗滌3-4次(或按說明規定)。在間接法中如本底較高，可增加洗滌次數或延長浸泡時間。

　　二、流水沖洗式

　　初用于小珠載體的洗滌，洗滌液僅為蒸餾水甚至可用自來水。洗滌時附接一特殊裝置，使小珠在流水沖擊下不斷地滾動淋洗，持續沖洗 2分鐘后，吸干液體，再用蒸餾水浸泡2分鐘，吸干即可。浸泡式猶如盆浴，流水沖洗式則好比淋浴，其洗滌效果更為*，且也簡便、快速。已有實驗表明，流水沖洗式同樣也適用于微量滴定板的洗滌。洗滌時設法加大水流量或加大水壓，讓水流沖擊板孔表面，洗滌效果更佳。